1991 年,MOORE 等提出了微卫星 DNA(Microsatellite DNA)的概念,即 SSR(Simple Sequence Repeats)位点,是一类由 1~6 个核苷酸为重复单位 组成的长达 200~800 bp 的核苷酸串联重复序列。 微卫星位点中大量重复的部分很可能存在变异,变 异会表现为数目的整倍性不同或序列的不完全相 同,因而造成位点的多态性。而揭示这些变异,进而 发现不同的 SSR 在不同的种甚至不同个体间的多 态性,是 SSR 标记技术的目的。
1 材料和方法
1.1 试验材料
1.1.1 动物材料
在野外捕获活体长尾仓鼠后,取 其尾尖为 DNA 提取材料。捕获地及数量见表 1。
1.1.2 试剂
血液 / 细胞 / 组织基因组 DNA 提取 试剂盒 (天根生化科技有限公司),2×Taq PCR MasterMix 酶(天根生化科技有限公司),ddH2O,琼 脂糖,1×TAE,30%聚丙烯酰胺(生工生物工程股份 有限公司),5×TBE,过硫酸铵,TEMED,GeStain 染 液(全式金有限公司),NaCl。
1.1.3 仪器
电热恒温水浴锅(上海博讯实业有限公司医疗设备厂);微型高速离心机 Centrifuge 5424 (北京伯乐生命科学发展有限公司);琼脂糖凝胶电 泳槽(北京六一仪器厂);聚丙烯酰胺凝胶电泳槽(北 京六一仪器厂);凝胶成像系统(Alphalmager HP); G1000 基因扩增仪(杭州博日科技有限公司);DNA 定量仪 NANODROP 2000(赛默飞世尔科技公司)。
1.2 试验方法
1.2.1 引物设计与合成
试验所采用的引物借鉴 了与长尾仓鼠同属的黑线仓鼠 SSR 位点引物, 并由生工生物工程股份有限公司合成。具体序列以 及特点列于表 2。
1.2.2 长尾仓鼠基因组DNA的提取
采集长尾仓鼠尾尖作为 DNA 提取材料,用 DNA 提取试剂盒提取基因组 DNA。采用 1%琼脂糖凝胶电泳检测有目 标条带后,对其进行定量分析。
2 结果与分析
1%琼脂糖凝胶电泳检测 DNA 含量和质量, DNA 提取结果经琼脂糖凝胶电泳鉴定观察结果如 图 1 所示,质量较好。经 DNA 定量分析,其浓度平 均达到 1.8 ng/μL,表明浓度足够,符合进行 SSR 位 点扩增的试验要求。应用与长尾仓鼠同属的黑线仓鼠 SSR 引物扩 增后的电泳结果显示,引物 SSRf6 的扩增结 果(F)不明显,长尾仓鼠很可能不存在这一位点,其 他 5 个位点表现的多态性都较好。
3 讨论
非变性聚丙烯酰胺凝胶具有很高的分辨力,能 很好地分离小片段 DNA(5~500 bp),甚至可以分 离相差 1 bp 或分离单碱基突变所引起的不同片 段。但不同浓度会影响扩增条带的清晰度。本研究 为了确定分离片段所需最适聚丙烯酰胺的浓度进 行了预试验,分别测试了 8%,10%,12%的聚丙烯 酰胺凝胶,从预试验结果来看,8%的聚丙烯酰胺 凝胶带型最整齐且杂带少,便于观察分析试验结果。