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遏制源头、控制环境是食品企业消毒杀菌的关键环节。确定了消杀的对象，纪要追寻有害细菌、真菌、病毒等微生物的来源，从源头解决微生物污染问题。
探寻源头有两个途径：内源性和外源性。内源性控制需要在原料方面严格把控，要杜绝将不合格原料投入生产。外源性污染俗称二次污染，治理外源性污染，首先应保证生产环境硬件达标，然后消除的滋生源。然后是控制人为因素，人为因素是复杂的，也是相对较难控制的，要建立完善的卫生制度、加强管理与培训，消除人为因素造成的污染源。
对于食品生产企业来讲，控制外源性污染难度甚至大过内源性污染，因此，做好二次污染防控对产品安全至关重要。而对于餐饮企业来讲，很多食材要求新鲜、保质期短，甚至需要即采即用，生产要根据需要量和保鲜储藏做好源头控制，否则更容易造成内源性污染。在餐桌上生冷菜品一年四季都有，要根据不同季节做好食用前的灭菌防控工作，确保食品安全。
