缓慢移动原则：为了避免影响正常的风路状态，柜内操作时手应该尽量平缓移动。
物品平行摆放原则：为了避免物品和物品之间的交叉污染现象产生，在柜内摆放的物品应该尽量呈横向一字摆开，避免回风过程中造成交叉污染。同时避免堵塞背部回风隔栅影响正常风路。
避免震动原则：柜内尽量避免震动仪器（例如离心机、旋涡振荡器等）的使用，因为震动会使得积留在滤膜上的颗粒物质抖落，导致操作室内部洁净度降低，同时如果在前操作面平衡失败还会引起安全柜对操作者的污染。
不同样品柜内移动原则：生物内两种及以上物品需要移动时，一定遵循低污染性物品向高污染性物品移动原则，避免污染性高的物品在移动过程中产生对柜体内部的大面积污染。
明火使用原则：柜内尽量不要使用明火。因为在明火使用过程中产生的细小颗粒杂质将被带入滤膜区域，这些高温杂质会损伤滤膜。无法避免一定需要使用的时候，宜使用低火苗的本生灯。
通过生物安全柜在用市场所出现的问题，可以引申到整个在用医疗器械行业。在医疗器械全程监管过程中，使用环节是检验医疗器械安全有效性的关键环节。经过系统技术评价认定为安全有效的医疗器械，只有在使用环节才能得到实践验证。医院使用医疗器械从事诊疗、护理活动，若不符合国家规定的医用产品质量标准，使用后会对患者造成健康损害。医院作为医疗器械的重点使用单位，更加应该增强在用医疗器械的质量安全意识，加强对使用人员的培训，加大在用医疗器械的使用维护力度，避免使用过程中出现的诸多问题。
