利用脉动真空灭菌器进行消毒可基本划分为以下阶段：预热、脉动、升温、灭菌、排气、干燥。工作时先利用真空泵强制把灭菌容器内抽成负压，排出冷空气，然后将饱和地热蒸气迅速输送到各物品内部进行灭菌。在预先设定的脉动次数后，脉动真空灭菌器内部继续输人高温饱和蒸汽，当容器内压力与温度都达到预设值时开始灭菌并启动计时，灭菌结束后真空泵排干水蒸气进行干燥。经过工艺技术的迭代更新，最新生产的脉动真空灭菌器已经具备一系列显著优点：

１）机械强制脉动真空的运作方式可使空气排除量达到９９％以上，排除温度死角和“小装量效应”。

２）通过双扉设计实施普通环境与ＳＰＦ（ＳｐｅｃｉｆｉｃＰａｔｔｉｏｇｅｎＦｒｅｅ，无特定病原体）区域的有效隔离，满足ＧＬＰ实验室（ＧｏｏｄＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒａｃｔｉｃｅ）的规范要求。

３）触摸屏控制增强了灭菌过程的直观性、可视性。灭菌过程的系列参数可实时显示、随时储存。

４）采用电动升降和压缩气密封技术设计的密封门减轻了操作者开关门的劳动强度，也保证了环境密封的可靠度.